IEC - Atividade recente em Protocolos

Respondida: Onde encontro protocolos experimentais detalhados?

Tue, 12 Mar 2024 12:56:10 +0000

Hoje conheci a plataforma PubCompare.Ai (https://www.pubcompare.ai/), que facilita a busca de protocolos diretamente de artigos publicados. Extraído do site:

Our mission is to provide scientists with the largest repository of trustworthy protocols and intelligent analytical tools, thereby offering them extensive information to design robust protocols aimed at minimizing the risk of failures.

Os procedimentos são os descritos nas próprias publicações, sucintos e às vezes sem detalhes importantes. De qualquer modo, a plataforma é útil para encontrar protocolos relevantes, particularmente alguns descritos muito recentemente.

Respondida: Como efetuar titulação de partículas lentivirais para transdução celular?

Mon, 02 Mar 2020 18:49:49 +0000

O protocolo a seguir é bastante completo. Em Fevereiro de 2020 efetuamos síntese dos primers sugeridos para tentarmos padronizar essa abordagem de quantificação de partículas lentivirais.

Kutner RH, Zhang X-Y, Reiser J. Production, concentration and titration of pseudotyped HIV-1-based lentiviral vectors. Nat Protoc 4:495–505, 2009. DOI:10/d9jcnw | PMID: 19300443.

Oligonucleotídeos necessários para quantificação lentiviral:

PMID19300443_GAG.F - TTCGCAGTTAATCCTGGCCTT
PMID19300443_GAG.R - GCACACAATAGAGGACTGCTATTGTA
PMID19300443_WPRE.F - CCTTTCCGGGACTTTCGCTTT
PMID19300443_WPRE.R - GCAGAATCCAGGTGGCAACA

Respondida: Como efetuar indução de ciclo lítico viral em células infectadas pelo EBV ou KSHV?

Wed, 06 Feb 2019 18:36:05 +0000

Para o EBV, informações postadas para o grupo em 20190206:

O documento a seguir apresenta as instruções de base para a indução química de ciclo lítico do EBV.
[Protocolo] Indução ciclo lítico EBV (TPA ou TP...
Segue referência da fonte e pdf do doc na íntegra, que contém outros protocolos e informações muito relevantes para manipulação do EBV e células constitutivamente infectadas.
Lan K, Verma SC, Murakami M, Bajaj B, Robertson ES. Epstein-Barr Virus (EBV): infection, propagation, quantitation, and storage. Curr Protoc Microbiol. (Chapter 14:Unit 14E.2). PMID: 18770612.
(!) EBV - Infection, Propagation, Quantitation,...

Editada: Proteínas com etiqueta FLAG: que condiçoes de western blot utilizar inicialmente?

Mon, 06 Aug 2018 19:50:29 +0000

Respondida: Como efetuar ensaio para análise de migração e invasão celular in vitro?

Fri, 02 Mar 2018 13:38:23 +0000

BiteSizeBio | Beginners Guide to Setting Up Migration and Invasion Assays - https://goo.gl/MkkXB2

So you have a gene or protein that you think may be involved in migration or invasion and the next step is to embark on migration assays. These assays are useful for testing fundamental migratory processes, such as embryonic development, immune response, metastasis and angiogenesis. For a long time these have been an invaluable mainstay of cancer research, however, gaining consistent results from such assays can be tricky, especially if handling 3D-matrices is not in your repertoire…yet! Here are some tips and tricks to ensure the best results from your migration assays.

Resposta editada: Como conduzir um experimento de IC50?

Thu, 29 Jun 2017 19:53:44 +0000

Materiais úteis para auxiliar no cálculo de IC50 utilizando o MS-Excel:

Tutorial no YT
https://youtu.be/fMghQw2Ry2c
Discussão em fórum no ResearchGate
https://goo.gl/mrKEZP
Cálculo de intervalos de confiança
https://youtu.be/q8ldtlm8BbA

Como utilizar os pipetadores automáticos Biohit e Pipetman Concept

Thu, 01 Jun 2017 11:45:20 +0000

Resposta selecionada: Como efetuar avaliação de clonogênese e transformação celular in vitro?

Mon, 20 Mar 2017 17:43:22 +0000

O potencial de clonogênese das células pode ser efetuado conforme indicado nos trabalhos a seguir:

Franken NA, Rodermond HM, Stap J, Haveman J, van Bree C. Clonogenic assay of cells in vitro. Nat Protoc. 2006;1(5):2315-9. PubMed PMID: 17406473.
Rafehi H, Orlowski C, Georgiadis GT, Ververis K, El-Osta A, Karagiannis TC. Clonogenic assay: adherent cells. J Vis Exp. 2011 Mar 13;(49). pii: 2573. doi: 10.3791/2573. PubMed PMID: 21445039

Por outro lado, para estimar com mais propriedade a transformação celular, é recomendável experimento de crescimento independente de ancoragem em meio semi-sólido (Soft Agar Assay; Anchorage-independent cell growth assay). Desse modo pode-se avaliar a formação de colônias que subverteram a morte celular por falta de ancoragem (i.e., anoiquise), propriedade importante de células epiteliais transformadas.

Protocolo sugerido para experimento em meio semi-sólido (mais apropriado para transformação celular de células epiteliais!):

Borowicz S, Van Scoyk M, Avasarala S, Karuppusamy Rathinam MK, Tauler J, Bikkavilli RK, Winn RA. The soft agar colony formation assay. J Vis Exp. 2014 Oct 27;(92):e51998. doi: 10.3791/51998. PubMed PMID: 25408172. Vide vídeo em PMC4353381. Download (27M, mp4)